1、准入门槛
港股通的准入门槛要高于港股账户。目前个人投资者若想开通港股通业务，证券账户必须满足前20个交易日均50万元人民币资产的要求。港股账户开通则没有资产要求。因此风险承受能力较弱的投资者一般是达不到港股通开户资质的。
2、投资范围
港股通可参与购买的股票数量有限，可参与交易的标的大约三百多只，且不能参与新股申购，不支持美股交易。
港股账户则可交易所有的港股，包括美股、ETF、涡轮、牛熊证和港股打新，例如投资者想要参与阿里港股打新，那么就需要开通港股账户。而且港股账户还可提供最大1:9的融资比例，以供客户申购新股。
3、额度限制
港股通设有每日420亿元的额度上限，超过该额度当日就无法再进行交易，而港股账户是没有额度限制的。
4、红利税
通过港股通买港股，无论是否为H股，都需缴纳20%的红利税。港股账户的红利税收取标准分为两种情况：H股按10%收取，香港或外资企业则不收取。
5、汇兑成本
港股通采用港币报价，人民币交收，因此交易时会损失一定的汇率成本。通过港股账户买港股则需先将人民币换成港币，所以在换汇额度、汇款手续费等方面会存在明显弊端。
6、交易手续费
港股通的手续费要比直接投资港股的手续费低很多，国内券商交易手续费的收取比例一般在万分之1.5至万3之间。
7、交易时间
港股通交易需在A股和港股同时开始期间才可交易，有一方休市均无法交易。港股账户交易时间港股开市时间一致。
综合来看，港股通和港股账户各有优劣。